我校2011年获生态学一级学科硕士学位授权点，为重庆市 “十二五”、“十三五”重点学科。现有鱼类生理生态学、昆虫生态学、微生物功能生态学、植物生态学4个学科方向。现有学科队伍30人，其中教授13人、副教授11人，博士22人（73%），海外研究经历者11人（37%），博士生导师4人、硕士生导师16人；有国家蜂产业体系岗位科学家、重庆市学术技术带头人及后备人选等省部级以上人才8人，省级以上学会副理事长、秘书长、理事等18人次，担任6家国际SCI学术期刊的副主编或编委。近五年，主持国家基金项目10项，省部级项目40余项，科研经费1500万元，发表SCI论文100余篇，获省部级科技奖励4项，主办学术会议5次。

该学科根据地方经济和社会发展重大需求，致力于三峡库区流域生态环境健康、林业病虫害防治、蜜蜂保育技术、珍稀动植物物种保护和资源利用等研究，培养优秀生态学师资和具备生态科学、生态工程知识的复合型人才，初步成为我国西部有重要影响、部分领域达到国内先进水平的生态学学科。