教师姓名：张玉娟
女
博士
职称：教授（三级）
博士研究生导师
招收研究生专业与方向：
博士研究生：生物学（动物生物学-生物信息学、基因组学方向）
硕士研究生：生物化学与分子生物学二级学科学术型研究生（生物信息学、基因组学方向）
农业硕士（食品加工与安全、资源利用与植物保护领域）
教育与工作经历：
2017.12 − 至今， 重庆师范大学，生命科学学院，教授
2014.08 − 2015.08，美国俄克拉荷马大学，访问学者
2012.12 − 2017.11，重庆师范大学，生命科学学院，副教授
2010.07 − 2012.11，重庆师范大学，生命科学学院，讲师
2004.09 − 2010.06，中国科学院，昆明动物研究所，硕士/博士
2000.09 − 2004.07，陕西师范大学，生命科学学院，本科
教学情况：
1.主讲《生物专业英语》、《基因组学》、《生物信息学》等本科课程及《基因组学与蛋白质组学》、《R语言绘图》等研究生课程；指导本科生教学实习。
2.指导本科生参加“挑战杯”全国大学生课外学术科技作品竞赛、大学生创新创业训练项目、中国“互联网+”大学生创新创业大赛、昇腾AI创新大赛（华为）等，获多项省部级奖励；获本科生优秀导师奖。
科研简况：
主要从事生物信息学及人工智能在生物大数据分析的应用研究。已在Engineering Applications of Artificial Intelligence, Briefings in Bioinformatics, BMC Genomics, BMC evolutionary biology, Zoological Research, Scientific Reports等国内外学术期刊上发表论文50余篇，单篇引用次数185次，H-index达到17；出版中文专著1部；合作出版英文著作1部；主持国家自然科学基金2项，省部级项目7项。
获奖情况：
2024年世界生物医药与人工智能大会杰出青年科学家；
2022年中国商业科技进步奖一等奖；
2015年重庆市科学技术奖三等奖；
2010年中国科学院朱李月华优秀博士生奖；
2010年云南省优秀科技论文奖一等奖；
发明专利：
智能辅助检测泛素化蛋白平台V1.0，软件著作权，2025SR0582782。
一种化学计量基因组基础分析的计算方法, 发明专利，202110905333.9。
一种化学计量基因组和基因组注释文件联合分析方法, 发明专利, 202110906004.6。
一种批量分析多物种化学计量基因组的方法, 发明专利, 2021109053。
一种高通量分析多物种化学计量蛋白质组的方法, 发明专利, 202210259556X。
一种高通量分析多物种化学计量转录组的方法, 发明专利, 202210159540。
学术兼职：
2024世界生物医药与人工智能大会分会主席；
中国昆虫学会基因组学专委会委员；
重庆市生物信息学会常务理事；
《Interdisciplinary Sciences: Computational Life Sciences》编委；
著作：
《人工智能在生命科学中的应用》，科学出版社，2026年。
近期代表性论文：
1. Jin-Zhou Wu, Dong-Lin He, Xin Li, Rui Wang, Yu-Juan Zhang. A multi-view collaborative heterogeneous graph neural network with semantic-and relation-aware for drug-disease association prediction. Engineering Applications of Artificial Intelligence. 2026, 164, 113217. (双1区，IF=9.0)
2. Rui Wang, Xin Li, Ze-Yu Luo, Jin-Zhou Wu, Dong-Lin He, Zong-Qing Chen, Yu-Juan Zhang. A Structure-Aware Graph Network Reveals the Structural Heterogeneity of Lysine Ubiquitination. Communications Biology. 2026. (双1区, IF=5.9)
3. Xin Li, Jinzhou Wu, Rui Wang, Donglin He, and Yu-Juan Zhang.A Multimodal Geometric Learning Framework for Interpretable Peptide Toxicity Prediction. Journal of Chemical Information and Modeling. 2026. doi.org/10.1021/acs.jcim.6c02423. (JCR 1区，5-year IF=6.9)
4. Yawen Sun, Rui Wang, Zeyu Luo, Lejia Tan, Junhao Liu, Ruimeng Li, Yu-Juan Zhang. ESM2_AMP: an interpretable framework for protein-protein interactions prediction and biological mechanism discovery. Briefings in Bioinformatics. 2025 Jul 2;26(4): bbaf434.（双1区，2025 IF=6.8）
5. Junhao Liu, Zeyu Luo, Rui Wang, Xin Li, Yawen Sun, Zongqing Chen, Yu-Juan Zhang. EUP: Enhanced cross-species prediction of ubiquitination sites via a conditional variational autoencoder network based on ESM2. PLoS Computational Biology. 2025 Jul 16;21(7):e1013268. doi: 10.1371/journal.pcbi.1013268. eCollection 2025 Jul.（JCR1区，IF=4.3）
6. Zeyu Luo, Rui Wang, Yawen Sun, Junhao Liu, Zongqing Chen, Yu-Juan Zhang*. Interpretable Feature Extraction and Dimensionality Reduction in ESM2 for Protein Localization Prediction. Briefings in Bioinformatics. 2024. DOI: 10.1093/bib/bbad534.（双1区，IF=9.5）
7. Yu-Juan Zhang, Zeyu Luo, Yawen Sun, Junhao Liu, Zongqing Chen*. From Beasts to Bytes: Revolutionizing Zoological Research with Artificial Intelligence. Zoological Research. 2023. 44(6): 1115-1131.（双1区，IF=4.96）
Research gate: https://www.researchgate.net/profile/Yu-Juan-Zhang
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=CdA1HhMAAAAJ&hl=en
每年招收博士生1名，硕士生（学术型）2-4名，硕士生（专业型）1-2名，欢迎加入我们的团队。